地球联合宇宙局发现外太空有个X星球，因为X星球发射电波而发现，宇宙局派出太空船D1前去探查，太空人富士和古连到X星球时却备受礼遇，而X星球的人表示为了消灭在当地作乱的王者基多拉，需要借出哥吉拉和拉顿。

在权藤今吾（三船敏郎 Toshiro Mifune）家里，举行了一场关于民族鞋业的董事会议，讨论关于新鞋的质量问题。权藤发表的意见慷慨激昂，他觉得不应该只顾降低成本提高利润，而忽视了鞋子本身的质量。此

富士山下的小村庄正在进行热闹的祭典，突如其来的山火却让人们陷入恐慌之中，而天文学家白石良一（平田昭彦 饰）则在混乱中失踪。不久，当地发生滑坡、天坑等离奇事件，更有一个巨大、恐怖的机器人出现，对周遭城镇

外表落魄邋遢的浪人武士三十郎（三船敏郎 饰）来到一个小镇，清兵卫（河津清三郎 饰）和新田丑寅（山茶花究 饰）两家恶霸在那里为争夺地盘，招兵买马经常争斗，弄得民不聊生。

刚毕业的医学院学生保本（加山雄三 饰），在父亲的介绍下，来到穷乡僻壤的小石川诊所实习。他的老师是一位被称作红胡子（三船敏郎 饰）的古怪医师。起初，