居住在中国大陆腹地的白龙一族成员峰飞龙误杀了人，被赶出村子，被迫流亡日本。他在日本就读的学校里，为了帮助一个名叫片野冬夏的少女——她正遭受男学生的骚扰——而卷入了一场意外事件。冬夏是一个克隆实验体，而

STORY故事背景開始在西元 2029年，地中海沿岸的地基忽然間下沉，導致了氧氣忽然間消失，而自此之後原本存在的各種元素也陸續的消失。由於自然界中的各種元素不復存在，因此無論是建築物、森林、動物等各種生命也逐一的消失了，此時的人類也才深深的感受到這些「元素」的重要性。在那之後又經過了 60 年，人口也減至為十分之一，而根據調查的結果，發現消失的元素都流向了次元另一側的另一個地球「ネガアース」。而由於能夠到達「ネガアース」的只有 13 歲以下的人，因此集合了這些背負著地球存亡的孩子，組成了名為「元素獵人